高鐵成本貴是明顯的，特別是香港段全部建在地下，技術要求高，比一般建在路面的普通鐵路建造成本差別很大。但建在地下卻同時省了路面的空間，如東鐵、西鐵那樣，軌道、車站等佔據的地面空間不少。這些省下的地面空間或許不會用作商業用途，不產生直接的經濟效果。然而，保留地面的生態，用環境經濟學的術語，便是產生出選擇和不使用的價值(option & no-use value)，把經濟和生態以至使用權的政治權力留給下一代，具體的價值便難以當下量化。
化解邊緣化危機
高鐵的直接效益是省了時間。省出的時間可作別的用途，對乘客來說，未必可即時多賺了錢，卻等於在生活裏多賺時間，可以選擇做不同的事，甚或任何事都不作，忙裏偷閒，對生活質素和身心健康均有裨益。省了時間的另一面是乘客可以用同樣時間去更遠的地方，工作、尋親訪友，以至參觀、休閒娛樂，人的活動範圍便隨高鐵時速增加而擴大。範圍擴大，接觸面同樣擴大，人的認識知識有所增加，由此可帶來社會文化交流，乃至催生社群組織大的變化。多交流可減少誤解，多元化提升人與社會創新的可能性。這也絕非可以一塊錢一塊錢地計算出來的。
香港高鐵的特殊性在於它是與全國高鐵、軌道交通網絡連接起來。中國的網絡將會是全球最大，即使香港高鐵長期拖延，到2015年才建成運作，屆時可接上珠三角和全國的網絡。相對於台灣高鐵，只限於2300萬居民和旅客，香港卻連上13億人口的內地，且內地網絡縱橫交錯，選擇極多。由此產生的網絡效益遠遠大於台灣，更超越日本、歐洲諸地。歐盟正在全力興建高鐵網絡將之跨國連接，投資龐大，制度性、技術性（各國標準不同）障礙亦巨大。香港卻以區區五、六百億元港幣之數，便連接上內地用二、三萬億元人民幣興建的網絡，這是何等難得的社會投資項目！只要香港與內地的邊界障礙加快撤除，由香港高鐵連接內地的龐大網絡效益便會加快體現出來。
多元化、創新、香港連接內地及國際化是香港作為世界城市、國際都會的基礎。這方面如今已有所減弱，若不借高鐵來重振，便會錯失黃金機會。一旦失去時機，在廣州、珠三角和內地高速發展下，香港大有被邊緣化的危機。
經濟效益巨大
高鐵還有眾多的其他經濟效益。
一是擴大內地旅客的規模，單只珠三角5000萬人口，以及以廣州為中心的3至4小時經濟圈，便有近2億人口。2008年，香港的內地旅客只有1600多萬人次，低於深圳、東莞、廣州的5000多萬人次，更少於上海的超過1億人次。中國正成為全球最大的旅遊國，入境與出境同樣快速增長。利用高鐵，放寬內地居民來港限制（或許比不上香港給予部分外國的免簽證入境的條件），香港與廣州同一水平，便是現時水平增長1000萬人次，並按年遞升。若達到上海一半水平，便是2008年裏加多3000多萬人次。高鐵現時對2016年的估算，連香港居民出入境在內，只是一年3000多萬人次，屬於低估。高鐵車卡可從每班8卡增至16卡，來港內地旅客增長以千萬人次計，還可應付。而每年多了1000萬至3000多萬人次，2016年相信大可比2008年多出四五千萬人次以上。由此而來的旅遊和相關經濟收益便極其龐大。
二是人流龐大，若集中利用，香港段的總站設在西九龍，毗鄰機場快線、東涌線的九龍站、地鐵的佐敦站、西鐵的柯士甸站，現時每天出入車站的總人數便是20多萬人次。這或許比不上全球最繁忙的車站區東京的新宿，後者每天人流是300萬人次。但若加上高鐵以特區政府保守估計的9萬多人次，西九龍站區便有30萬人次。香港只有700萬人口，新宿作為東京都的門戶站，東京都人口3000多萬，西九龍站便有相當於新宿一半的人流。
新宿的繁華是舉世知名的，不只是政府大樓，還有大小酒店、食肆、百貨店、各種各類的零售店、旅行社、當舖、網吧，以至眾多的娛樂場所。每天300萬人流的經濟效益，就業機會（從專業到服務、到清潔工、自僱小商販等等）龐大。
當然，西九龍站當前是空地，但佐敦、柯士甸、以至九龍站上蓋已有不少商業服務。西九龍從規劃上把周邊各站連接起來，好好打造車站經濟，只要學得新宿一半，香港便已有一個新的副都心，與中環的市中心區形成分工協作，相得益彰。西九龍站區變成香港的新宿，通過高鐵輻射便不只是香港，更是珠三角，以至珠三角以外三四小時高鐵車程的範圍。從現時的基礎起步，西九龍站區要增加至每天50萬至100萬人次都是可能，只要規劃配套，香港多一個副都心，整合西九龍站附近地區，經濟效益當然極其巨大。
